汎用ソフトウェア

汎用ソフトウェア#

本ページでは、多様な種類の解析や画像に対して比較的汎用的に利用できるものを中心に紹介しています。特定の解析工程に特化したツールについては、特定の用途に使うソフトウェアページを参照してください。

ImageJ#

ImageJ^29,30,31 は、マルチチャンネル画像、3次元画像、タイムラプス画像など、さまざまな種類の画像を扱うことができる画像処理プログラムです。基本的な画像処理操作を多数備えているだけでなく、多様なプラグインによって複雑な解析を行えるよう機能を拡張することもできます。

CellProfiler#

CellProfiler³² は生物学者によって生物学者のために設計されたソフトウェアで、計算科学の専門知識がなくても画像解析を行えるよう、研究者と画像解析を橋渡しすることを目的としています。本ソフトウェアは、画像解析パイプラインという概念に基づいて設計されています。複数のモジュールを組み合わせて独自の解析パイプラインを構築することができ、そのパイプラインを1枚から数千枚の画像にまで適用できます。このため、ハイスループット画像解析にも適しています。

QuPath#

QuPath³³ は、全スライド画像に適用可能な幅広い画像解析ツールを備えています。そのため、病理画像で広く利用されていますが、他の種類の画像にも使用できます。また、QuPath にはピクセル分類ツールが含まれており、ImageJ と連携することも可能です（例： ROIs をプログラム間で送受信したり、ImageJ のプラグインにアクセスしたりすることができます）。

Icy#

Icy³⁴ は、導入が簡単な画像解析ツールです。プラグインを用いて視覚的な画像解析プロトコルを作成でき、それらを他のユーザーと共有することができます。

MIB (Microscopy Image Browser)#

MIB³⁵は、光学顕微鏡および電子顕微鏡の多次元データセットの解析に対応した、ユーザーフレンドリーな画像解析ソフトウェアです。取得したデータ全体を用いて解析を行い、形態学的特徴を抽出することが可能です。

napari#

napari³⁶ は、多次元画像ビューアとして開発が進められています。さまざまなプラグインによって機能を拡張し、基本的な画像解析から高度な解析まで実行することができます。