より詳しく知るための参考資料#
リソース名 |
リンク |
概要 |
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バイオイメージング解析ソフトウェアに関するフォーラム |
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🌐 GloBIAS Bioimage Analyst Database |
近くのバイオイメージング解析の専門家を検索できます |
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🌐 Peter Bankhead’s Intro to Bioimage Analysis |
バイオイメージング解析を全くしたことのない初学者に向けたガイドであり、理解を確認するための設問と解答、Python や ImageJ を用いた演習、さらに学習内容を確認するための動画もあります。 |
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📖 Bioimage Data Analysis 43 |
三浦耕太先生 編の無料でオンライン公開されているテキスト。バイオイメージング解析の専門家がさまざまなトピックを紹介 |
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📄 Reproducible image handling and analysis 44 |
主要な画像処理上の落とし穴と、それらを回避して再現性のある解析ワークフローを構築する方法をレビューした論文 |
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📄 Made to measure: an introduction to quantification in microscopy data |
顕微鏡データで行われるいくつかの一般的な測定のカテゴリと、それらの結果に影響を与えうる技術的要因について解説した論文 |
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科学的な問いに対して適切な指標を選択するためのインタラクティブなガイド |
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📄 A Hitchhiker's guide through the bio-image analysis software universe 3 |
画像解析ソフトウェアやパッケージについての解説と用語集を提供する論文 |
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🌐 BioImage Informatics Index |
問題、手法、または使用したいソフトウェアに基づいて、バイオイメージ解析ツールやワークフローを検索できるリポジトリ・プラットフォーム。 |
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🎥 iBiology Bioimage Analysis video series |
バイオイメージ解析を紹介するビデオシリーズ。画像処理 image processing、セグメンテーション segmentation、トラッキング、測定の実施と解釈の概要、ヒントと注意点など。 |
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🌐 Bioimage ANalysis Desktop (BAND) |
バイオイメージング解析ソフトウェアにブラウザからアクセスできる仮想デスクトップ |
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🌐 Galaxy Imaging Node |
多数のオープンソース画像解析ツールとワークフローがあらかじめ搭載されたGalaxyノード。容易に再現性のあるFAIRワークフローの作成と共有ができる。 |
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🌐 Image Analysis Training Resources |
NEUBIASが収集した、画像解析のトレーニングリソース。米国教育ワークショップのカーペントリーズのスタイルを参考にしている。 |
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🌐 Bioimage Analysis AwesomeList |
バイオイメージ解析に関連するリソースの まとめ |
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🌐 Bioimage Analysis Notebooks |
バイオイメージング解析、GPU高速化画像処理、バイオイメージングデータサイエンスなどのためのPython Jupyter Notebook集。 |
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📄 Believing is seeing - the deceptive influence of bias in quantitative microscopy18 |
顕微鏡結果にバイアスを生じさせる技術的・心理的要因を論じたレビュー |