ようこそ#

バイオイメージングとバイオイメージング解析の世界へようこそ！🎉

BBBCイメージ・モンタージュ

図 1 BBBC1 (Broad Institute)に含まれる蛍光顕微鏡画像。 画像は左上からBBBC007、BBBC008、BBBC034、BBBC038、BBBC039、BBBC020の実験によるもの。#

この本について#

この本は我々の論文"A biologist’s guide to planning and performing quantitative bioimaging experiments" 2に付随するものです。この本の目的は、蛍光顕微鏡の実験に影響する要因を理解したい生物学者に向けて、推奨事項と厳選された資料を提供することです。

この本は、生物学、イメージング、イメージング解析、データ管理・解釈、プレゼンテーションの専門家の共同作業の成果です。この本のヒントや推奨事項は、実際にバイオイメージングやバイオイメージング解析の初心者である生物学者をトレーニングしたり、一緒に働いたりした体験から得られたものです。初心者のうちは「何がわからないのかさえわからない」ということがよくあります。ここでは、初心者にありがちなミスを避けるための背景知識やヒント、そして厳選した質の高いオープンソースの資料を紹介します（全リストはこちら）。資料の種類を示すために以下のアイコンを使います：

Icon

Resource type

📖

Textbook (free online)

📄

Scientific paper

💻

Software or software notes

🌐

Website

🎓

Lecture notes or slides

🎥

Video

🔢

Math-heavy theory

この本で扱わないこと#

  • 本書は、すべての資料を網羅的にリストアップしたものではありません。そのような素晴らしい資料はたくさんあります。（こちら3 や こちら 、 こちら4 をご覧ください）。私たちの目標は、より簡潔で初心者に優しいガイドを作成することです。

  • 本書はプロトコルやステップ・バイ・ステップのガイドブックではありません。バイオ画像解析はサンプルの準備からデータの解釈に至るまでのステップ一つ一つが膨大な内容を含みます。本書は初心者向けのガイドである以上、そのすべてはカバーしていません。

この本の使い方#

左側のナビゲーションパネルでセクションを選択するか、↘️ の下にある「次へ」ボタンをクリックして「サンプルの準備」に進んでください。

ほとんどのセクションで、以下のQ&Aを使って説明します：

  • 基本事項

  • 選択肢

  • 方法

  • 問題が生じやすいポイント

  • さらに詳しく知るために (関連資料へのリンク)

どの質問を使うか、また正確な言い回しはセクションによって異なる可能性がありますが、この構成が各トピックをより深く理解するための道しるべとなれば幸いです。

知りたい話題や資料が見つからないときは？#

issueやプルリクエストを気軽に開いてください！この本がベストプラクティスと利用可能なリソースを反映して、「生きた」ドキュメントになることを願っています。